В первые годы Советской власти монастырь действовал. Известно, что с 1921 г. по 1923 г. в нем проживал епископ Смоленский Филипп (в миру Виталий Степанович Ставицкий), затем арестованный и отбывавший наказание в Бутырской тюрьме, Впоследствии владыка возглавлял Астраханскую епархию. Сейчас решается вопрос о его прославлении в лике Новомучеников от Астраханской епархии Русской Православной Церкви.
С 1 февраля 1923 г. настоятельскую должность в Ордынской пустыни занимал иеромонах Софроний (Власенко). В документах Государственного архива Смоленской области, датированных 15 января 1924 г., за настоятеля расписался иеромонах Гавриил. Но он подчеркивал, что игуменом являлся отец Софроний. Возможно, настоятель в это время не находился в обители.